I.       PENDAHULUAN

A.    Latar Belakang

Deoxyribonucleic acid atau DNA adalah senyawa kimia berupa asam nukleat yang penting dalam kehidupan makhluk hidup karena mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan suatu individu. DNA mengandung  senyawa yang merupakan  informasi genetik makhluk hidup yang berasal dari keturunan pertama dan diturunkan kegenerasi selanjutnya, DNA terdapat di nukleus, mitokondria, dan kloroplas. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom.

Genom adalah keseluruhan informasi genetic (DNA) yang dimiliki suatu sel atau organisme atau khususnya keseluruhan asam nukleat yang memuat informasi tersebut. Genom merupakan materi yang dapat terbagi menjadi molekul-molekul asam nukleat yang berbeda seperti kromosom atau plasmid dan secara fungsional genom dapat terbagi menjadi gen-gen. Organisme di bumi pasti memiliki genom yang pada dasarnya informasi genetik yang diperlukan untuk membangun tubuh dan mempertahankan hidup serta diwariskan ke generasi sifat genotip dan fenotipnya. Genom terbentuk dari interaksi kompleks urutan nukleotida komponen penyusun asam nukleat digunakan untuk membuat semua protein pada suatu organisme pada waktu dan tempat yang sesuai.

Isolasi DNA adalah salah satu dasar untuk mempelajari DNA. Isolasi DNA merupakan teknik dasar dari bioteknologi dan biomolekular yang harus dikuasai di laboratorium. Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari partikel-partikel lainnya seperti lipid, protein, polisakarida dan zat lainnya. Isolasi DNA diperlukan untuk analisis genetik, yang digunakan untuk tujuan ilmiah, medis, atau forensik. Isolasi DNA dapat dilakukan pada semua mahluk hidup dan juga virus. Berdasarkan latar belakang maka dilakukanlah praktikum isolasi DNA.

 

B.     Rumusan Masalah

Rumusan masalah ingin dicapai pada praktikum ini adalah bagaimana cara teknik mengisolasi DNA dari sumber jaringan?

 

C.    Tujuan Praktikum

Tujuan yang ingin dicapai pada praktikum ini adalah untuk mengetaui teknik mengisolasi DNA dari sumber jaringan.

 

D.    Manfaat Praktikum

Manfaat yang diperoleh ingin dicapai pada praktikum ini adalah dapat mengetahui teknik mengisolasi DNA dari sumber jaringan.

II.    TINJAUAN PUSTAKA

A.    Isolasi Dna

Isolasi DNA merupakan teknik dasar dari bioteknologi dan biomolekular yang harus dikuasai di laboratorium. Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari partikel-partikel lainnya seperti lipid, protein, polisakarida, dan zat lainnya. Isolasi DNA berguna untuk beberapa analisis molekuler dan rekayasa genetika seperti genom editing, transformasi dan PCR. Banyak sekali metode isolasi DNA yang bisa digunakan, akan tetapi pada dasarnya tahapan dari isolasi DNA pada semua bahan dan semua metode adalah sama, yakni lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi kompleks nukleoprotein, dan inaktivasi nuclease (Hariadi, dkk, 2018).

Isolasi DNA merupakan salah satu teknik dasar dalam biologi molekuler yang dapat dikembangkan menjadi penelitian-penelitian yang kompleks mengenai informasi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme.Informasi pada DNA disimpan dalam bentuk basa nukleotida yaitu adenine (A), guanine (G), cytosine (C), dan timin (T).Setiap sekuen basa nukleotida mengandung informasi genetik yang berperan dalam perkembangan dan pengaturan organisme (Widyastuti, 2014). Tujuan dari ekstraksi atau isolasi asam nukleat adalah membuang dan memisahkan asam nukleat dari komponen sel lainnya (protein, karbohidrat, lemak, dll) sehingga asam nukleat yang diperoleh dapat dianalisis dan atau dimodifikasi lebih lanjut (Hairuddin, 2013).

 

B.     Tahapan Isolasi Dna

Tahapan proses isolasi DNA dimulai dari persiapan bahan sempel, pemilihan metode ekstraksi yang tepat hingga didapatka ekstrak DNA (Marwayana, 2015). Tahapan ekstraksi DNA terdiri dari tiga proses utama, yaitu proses lisis sel, purifikasi, dan presipitasi. Proses lisis sel merupakan proses pertama ekstraksi DNA diawali dengan menghancurkan membran sel dengan cara memberikan enzim Proteinase K untuk merusak protein dan Sodium Dodecyl Sulfat (SDS) untuk mengikat lipid sehingga membran sel rusak dan semua isi sel keluar. Proses lisis sel menyebabkan DNA bercampur dengan makromolekul sel lainnya.  Pemurnian DNA dari makromolekul sel dilakukan pada tahap purifikasi dengan cara memberikan Phenol dan CIAA (Chloroform Isoamil Alkohol) untuk mengikat makromolekul selain DNA seperti protein, lipid, dan karbohidrat. Pada tahap ini DNA dan air terpisah dari bahan organik lainnya setelah disentrifugasi. Untuk menarik air dari DNA dibutuhkan alkohol. Proses ini disebut dengan presipitasi (Kamilah, 2017).

 

C.    Sentrifugasi

Sentrifugasi adalah suatu proses pemisahan yang memanfaatkan perbedaan efek gaya sentrifugal pada setiap molekul senyawa penyusun suspensi dari gerak putar. Gaya sentrifugal adalah gaya semu yang mendorong benda menjauhi titik pusat putar yang timbul pada suatu benda yang bergerak berputar pada kerangka non-inersia. Kerangka noninersia pada alat sentrifugasi adalah botol tempat suspense ditempatkan, dimana botol menjaga agar suspensi tidak tumpah tetapi tidak mempertahankan posisi molekul-molekul senyawa penyusun suspensi. Efek gaya sentrifugal akan mendorong setiap molekul-molekul menjauhi titik pusat putar (Aji, dkk, 2018).

Centrifuge merupakan alat yang digunakan untuk memisahkan organel berdasarkan massa jenisnya melalui proses pengendapan. Prosesnya kerja centrifuge menggunakan prinsip rotasi atau perputaran tabung yang berisi larutan agar dapat dipisahkan berdasarkan massa jenisnya. Larutan akan terbagi menjadi dua fase yaitu supernatant yang berupa cairan dan padatan atau organel yang mengendap (Triarjo, dkk, 2016).

 

D.    Penemuan Dna (Deoxyribonucleic Acid)

Lebih dari 60 tahun yang lalu Watson and Crick menerbitkan makalah klasik mereka tentang struktur DNA. Watson and Crick di dalam makalahnya menekankan dua ciri utama molekul-komplementasi dari urutan dasar pada

dua untai dan sifat heliks ganda dari polimer DNA. Komplementaritas urutan dasar, dengan adenine melengkapi timin dan guanin yang melengkapi sitosin, memberikan penjelasan molekuler yang elegan untuk penemuan pada dekade sebelumnya oleh Avery, McCarty dan Macleod kemungkinan besar DNA itu

'prinsip transformasi' yang memungkinkan transfer informasi genetik antara strain yang berbeda bakteri. Setelah penemuan Avery, McCarty dan Macleod, Chargaff menegaskan penemuan pasangan keseimbangan antara basa Adenin dengan Timin dan Guanin dengan Basa sitosin dalam DNA beruntai ganda. Struktur tersebut menyiratkan bahwa informasi masuk urutan basa DNA dapat memiliki, berdasarkan saling melengkapi, kemampuan untuk direplikasi menjadi dua yang salinan identik. Penemuan Chargaff ini menjadi fundamental dasar genetika telah menopang hal yang sangat besar kemajuan dalam pemahaman dan manipulasi genetic selama 60 tahun terakhir (Travers dan Muskhelishvili, 2015).

 

E.     Eletroforesis

Elektroforesis merupakan suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan molekul-molekul bermuatan di dalam medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, dan besar muatan dari molekul. Metode pemisahan Gel Electrophoresis System adalah salah satu metode yang murah dan mudah dikembangkan. Metode ini biasanya digunakan untuk pemisahan DNA dan protein. Pergerakan molekul tergantung pada beberapa faktor, yaitu massa, bentuk, molekul, suhu, porositas dan viskositas media (Fuad, dkk, 2016).

 

 

III.             METODE PRAKTIKUM

A.    Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari Selasa, 8 Desember 2020 pukul 15.30 sampai selesai dan bertempat di Laboratorium Genetika, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Halu Oleo, Kendari.

 

B.     Alat Praktikum

Alat yang digunakan pada praktikum ini tercantum pada Tabel 1.

Tabel 1.Alat dan kegunaannya

No	Nama Alat	Kegunaan
1	2	4
1.	Eppendorf	Sebagai tempat cairan/larutan
2.	Sentrifuga	Untuk memisahkan campuran padat-cair atau cair-cair yang tidak saling larut
3.	Mikropipet dan tip	Untuk mengambil cairan
4.	Water bath	Untuk memanaskan air
5.	Freezer	Untuk menyimpan dan membekukan bahan
6.	Elektroforesis	Untuk memisahkan senyawa-senyawa yang memiliki muatan berupa kation ataupun anion
7.	Cetakan agar	Sebagai cetakan media
8.	Sisir	Untuk membantu memisahkan bahan
9.	Wadah	Sebagai tempat menyimpan bahan
10.	Fotoforesis	Untuk membantu pengamatan DNA
11.	Lumpang dan alu	Untuk menghaluskan bahan
12.	Gunting	Untuk memotong bahan
13.	Pinset	Untuk mengambil padatan
14.	Kamera	Untuk dokumentasi

 

C.    Bahan  Praktikum

Bahan yang digunakan dalam praktikum ini tercantum pada Tabel 2.

Tabel 2.Bahan dan kegunaannya

No	Nama Bahan	Kegunaan
1	2	4
1.	Sampel DNA	Sebagai objek pengamatan
2.	STE	Sebagai buffer untuk mencegah kerusakan DNA dengan mempertahankan pH dalam keadaan normal
3.	TE (Tris-EDTA)	Sebagai senyawa pengkelat yang mengikat ion Magnesium
4.	SDS (Sodium Dodecyl Sulphate)	Sebagai deterjen dengan efek denaturasi protein yang kuat dan mengikat struktur protein
5.	PC (Phenolchloroform)	Untuk mendenaturasi protein dan melarutkan komponen non polar
6.	NaOAC (Sodium acetate)	Untuk menetralkan asam sulfat dan digunakan juga sebagai buffer dengan asam klorida
7.	Etanol absolute	Sebagai pelarut
8.	Etanol 70%	Sebagai pelarut
9.	ddH2O (Aquabides)	Sebagai pelarut yang mengandung lebih sedikit mineral dari Aquadest
10.	CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide)	Untuk mendegradasi dinding sel, denaturasi protein, memisahkan karbohidrat, merusak membran sel dan melarutkan DNA
11.	Kloroform	Sebagai pelarut nonpolar
12.	Isopropanol	Sebagai fiksatif yaitu menarik air/mengondisikan dehidrasi yang menyebabkan terbentuknya DNA yang tidak larut/mengendap
13.	Amonium asetat	Sebagai buffer, reagen dan katalis
14.	Alkohol 70%	Sebagai pelarut
15.	Aquadest	Sebagai pelarut yang mengandung sedikit mineral
16.	Agarose	Untuk memadatkan dan visualisasi DNA
17.	TAE (Tris-Asetat-EDTA)	Sebagai buffer dalam elektroforesis
18.	EtBr (Ethidium bromide)	Untuk proses penggambaran molekul asam nukleat
19.	Loading dye	Untuk menambah densitas, memudahkan meletakkan contoh DNA ke dalam wadah, penanda laju migrasi DNA

 

 

 

D.    Prosedur  Kerja

Prosedur kerja praktikum ini adalah sebagai berikut:

1.      Mengambil sampel sebanyak 5 gram kemudian digerus.

2.      Mencampurkan larutan CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) pada sampel.

3.      Menginkubasi selama 30 menit dan setiap 5 menit dihomogenkan dengan cara dibolak-balik.

4.      Menambahkan larutan kloroform dan sentrifugasi selama 12 menit dengan suhu 29°C dengan kecepatan 145.000 rpm.

5.      Mengambil supernatan dari sampel kemudian memindahkannya ke effendorf yang baru.

6.      Memasukkan larutan isopropanol dan amonium asetat ke dalam supernatan dan inkubasi di dalam freezer selama 40 menit.

7.      Setelah diinkubasi, sentrifugasi kembali untuk selama 3 menit kemudian membuang supernatan dan mencuci pellet.

8.      Mensentrifugasi kembali selama 12 menit dan dikeringkan selama 15 menit.

9.      Menambahkan loading dye pada DNA sampel sebelum di masukkan ke dalam sumuran agar untuk di eletroforesis.

10.  Running DNA dalam agar dengan eletroforesis, kemudian angkat dan rendam dalam larutan EtBr setelah itu rendam lagi di larutan aquadest.

11.  Mengangkat dan meletakkan pada alat fotoforesis kemudian mengambil gambar dari pita DNA.

III. PEMBAHASAN

A.    Hasil pengamatan

Hasil pengamatan pada praktikum ini tercantum pada Tabel 3.

Tabel 3. Hasil Pengamatan Isolasi DNA

5   4   3   2   1   Gambar	5   4   3   2   1   Gambar Pembanding	Keterangan
		1. Pita DNA Katak (Rana sp.)(gagal) 2. DNA ikan baronang (Siganus sp.) (terdapat pita smear) 3. DNA kupu-kupu (Papilio sp.) (gagal) 4. DNA mangrove (Soneratia sp.) (terdapat pita smear) 5. Pita DNA bunga kembang sepatu (Hibiscus rosa sinensis) (gagal)

 

B.     Pembahasan

Isolasi DNA adalah metode untuk mendapatkan asam deoksiribonukleat dari suatu makhluk hidup adanya tanpa debris sel (sel rusak). Organisme tingkat rendah, seperti bakteri dan lain-lain (sel prokariot), dan mahluk hidup tingkat tinggi, seperti manusia, hewan, tumbuhan dan lain-lain (sel eukariot) merupakan sumber DNA. Menurut Hutami (2018), isolasi DNA merupakan proses pemisahan DNA dari komponen sel lainnya seperti protein, karbohidrat, lemak dan lainlain. Isolasi DNA terdiri dari tiga tahap utama yakni perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari komponen lainnya serta pemurnian DNA.

Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain, yaitu dengan melisis sel secara fisik dengan cara penggerusan menggunakan mortar dan alu, pemecahan dinding dan membran sel dengan senyawa kimia dan pemisahan DNA dari kotorannya. Prinsip dasar isolasi DNA dari jaringan organisme adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan, DNA dan RNA. Kemudian melalui ekstrak sel dipurifikasi (pembersihan) sehingga dapat dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA dan RNA total.

Tahap isolasi DNA meliputi beberapa tahapan proses penting, yaitu dari mulai tahap persiapan yaitu pengekstrakan dari sampel hingga akhirnya diperoleh ekstrak DNA yang terlarut dalam suatu larutan penyangga (buffer) khusus. Larutan buffer digunakan untuk menyimpan dan mempertahankan kondisi DNA secara kualitatif dan kuantitatif dalam jangka waktu yang relatif lama. Secara kualitatif, berarti larutan penyangga tersebut harus dapat mempertahankan kualitas DNA yang terlarut tetap dalam kondisi baik. Sedangkan secara kuantitatif berarti larutan penyangga tersebut harus mampu mempertahankan jumlah DNA yang terlarut, sehingga jumlahnya tetap (tidak terdegradasi) dan cukup untuk digunakan dalam tahapan selanjutnya tanpa mengalami penurunan kualitas maupun kuantitas DNA terlarut. Adapun tahapan proses ekstraksi DNA, dimulai dari persiapan sampel, pemilihan metode ekstraksi yang tepat, hingga didapatkan ekstrak DNA. Keberhasilan proses ekstraksi DNA dapat diukur melalui beberapa proses, diantaranya adalah melalui pengecekan keberadaan band DNA dengan metode elektroforesis atau melalui pengukuran konsentrasi DNA terlarut dengan metode spektrofotometri (Phillips, dkk, 2013).

Prosedur kerja pada percobaan isolasi DNA dimulai dari sampel di gerus menggunakan lumping alu hingga menjadi ukuran yang lebih kecil, hal ini dilakukan agar pada saat pengekstrakan sampel mudah diekstrak karena telah menjadi partikel – partikel yang lebih kecil. Tahap selanjutnya yaitu menambahkan larutan CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) pada sampel, hal ini bertujuan untuk merusak membran sel dari sampel tersebut. Perusakan membran sel terjadi akibat adanya ikatan kimia yang terbentuk antara CTAB dengan zat-zat yang ada pada sampel. Setelah penambahan detergen tahap selanjutnya yaitu menginkubasi selama 30 menit dan setiap 5 menit dihomogenkan dengan cara dibolak-balik, hal ini bertujuan agar larutan CTAB dapat tercampur sempurna sehingga sampel dapat mengalami perusakan membrane sel, tahap selanjutnya adalah menambahkan larutan kloroform dan sentrifugasi selama 12 menit dengan suhu 29°C dengan kecepatan 145.000 rpm yang bertujuan agar DNA yang ada disampel terpisah dengan kotorannya proses ini disebut dengan deproteinase yaitu proses pemisahan DNA dengan protein-protein selain DNA yang terdapat disampel. Setelah tahap ingkubasi sampel akan terpisah menjadi beberapa bagian yaitu supernatant, pati, interphase dan fase organik. Tahap selanjutnanya yaitu mengambil supernatan dari sampel yang telah terpisah kemudian memindahkannya ke effendorf yang baru dan memasukkan larutan isopropanol dan amonium asetat ke dalam supernatan dan inkubasi di dalam freezer selama 40 menit dan setelah diinkubasi, sentrifugasi kembali untuk selama 3 menit setelah 3 menit supernatant terpisah dengan pellet DNA yang kemudian supernatan akan dibuang dan pelet didasar wadah dipertahankan dan setelah membuah supernatant akan di lakukan pencucian pellet. Pencucian pellet menggunakan larutan washing buffer 1.

Bahan elektroforesis disiapkan terlebih dahulu. Pertama agarose dan dimasukkan kedalam erlenmeyer lalu tambah 25 mL TAE 1x dan dipanaskan dengan microwave. Agarose didiamkan hingga hangat-hangat kuku setelah itu agarose dituangkan kedalam elektroforesis chamber, sisir dipasang dan dibiarkan mengeras sekitar 20 menit. Setelah agarose mengeras sisir dilepaskan, direndam dengan TAE 1x dan agarose siap digunakan. Tahap kedua adalah pembuatan reagen elektroforesis yang dikerjakan diatas parafilm. loading dye (2 µL) didalam mikrotube 0,2 mL, sesuaikan dengan jumlah amplikon ditambah 1 buah untuk marker. Tutup alat elektroforesis tersebut hingga rapat, dan power suplai dihidupkan dan diatur untuk running dengan kekuatan listrik 110 volt, 100 mA selama 50 menit. Setelah selesai running, agarose dicuci dengan aquades. Agarose dimasukkan ke dalam UVI Gel Doc (UVIDOC) untuk dilakukan visualisasi (Iqbal, dkk, 2016).

 Setelah mendapatkan DNA dari sampel dilakukan visualisasi menggunakan alat bernama eletroforesis. Visualisasi menggunakan eletroforesis merupakan teknik pemisahan molekul DNA menggunakan arus listrik berdasarkan pada perbedaan besar molekul DNA atau berat DNA. Prinsip dasar dari eletroforesis adalah dengan mengamati derajat perpindahan yang disebabakan oleh adanya perbedaan berat molekul pada membrane berpori sel agarosa. Proses eletroforesis di pegaruhi oleh beberapa faktor yaitu berat molekul, dimana senyawa yang memiliki berat molekul yang lebih besar akan mengalami laju perpindahan molekul yang lambat dari pada senyawa dengan berat molekul yang lebih kecil. Arah mingrasi molekul ditentukan dari muatan yang dikandungnya, karena DNA merupakan senyawa bermutan negatife maka perpindahan DNA akan dimulai dari kutub negatife ke kutub postif. Konsentrasi sel agarosa juga dapat mempengaruhi proses eletroforesis dimana jika semakin besar konsetrasi sel agarosa yang digunakan maka semakin lambat laju perpindahan dna karena sel agarosa yang besar menyebabakan pori-pori sel agarosa menjadi lebih kecil sehingga DNA sukar melewati gel agarosa.

Tahap awal isolasi DNA disebut dengan tahap penghancuran sampel,  bahan yang menjadi sampel di pecahkan menjadi jaringan yang lebih kecil. Proses pemecahan dilakukan secara mekanik atau fisik dengan menumbuk atau menggerus bahan yang akan kita gunakan dengan mortar. Penghancuran sel menggunakan mortar berfungsi untuk memudahkan sel di isolasi pada sampel, penghancuran sel dapat dilakukan menggunakan 2 metode yaitu menggunakan metode kimia dan metode mekanik, tetapi di praktikum ini menggunakan metode mekanik untuk mengurangi biaya.

Tahap Kedua adalah ekstraksi DNA menggunakan buffer. Struktur utama pembentuk membran dan dinding sel adalah lemak, untuk itu digunakan deterjen yang merupakan buffer untuk mengekstrak DNA. Sel dilisis menggunakan larutan CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) yang merupakan deterjen khusus yang digunakan untuk melisis sel, bahan ini digunakan untuk melubangi dan merusak sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa keluar. CTAB merupakan sejenis deterjen yang dapat mendegradasi dinding sel, denaturasi protein, memisahkan karbohidrat, merusak membran sel dan melarutkan DNA.

  Tahap terakhir pada isolasi adalah pemisahan DNA dari bahan yang lain. Pemisahan dilakukan dengan menggunakan ethanol berkonsentrasi 70%. Tujuan pengunaan ethanol adalah untuk tidak melarutkan DNA dan berat jenis alkohol yang lebih ringan dari air membuat DNA naik dan melayang-layang di permukaan. Setelah DNA diberikan ethanol selanjutnya diberikan klorofrom dan isoamilalkohol (CIAA) dengan untuk mengekstrak dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer ektraksi yang mengkontaminasi larutan DNA. Pemberian isopropanol dan etanol dilakukan agar terjadi dehidrasi DNA sehingga terjadi presipitasi. Setelah pemberian etano, DNA yang dipeoleh dikeringanginkan dalam bentuk pellet yang selanjutnya akan dianalisa menggunakan alat instrument eletroforesis. Menurut Deanesia, dkk (2014), Penggunaan kloroform bertujuan untuk memisahkan DNA dengan protein karena kloroform merupakan senyawa yang tidak larut dalam air. Penambahan RNAse adalah untuk mendegradasi RNA. RNAse merupakan enzim yang berperan dalam proses lisis RNA.  

Berdasarkan hasil pengamatan didapatkan bahwa dari ke 5 sampel DNA yang di uji yaitu Pita DNA Katak (Rana sp.), DNA ikan baronang (Siganus sp.), DNA kupu-kupu (Papilio sp.), DNA mangrove (Soneratia sp.) dan Pita DNA bunga kembang sepatu (Hibiscus rosa sinensis), yang berhasil didapatkan DNA dari proses isolasi DNA adalah DNA ikan buronan dan mangrove. Faktor kegagalan dari proses isolasi dna biasanya berasal dari proses dan metode yang kurang maksimal dalam perlakukan sampel. Keberhasilan proses isolasi dna juga dipengaruhi dari keadaan sampel.

Elektroforesis agarose dapat digunakan untuk memisahkan asam  nukleat (atau fragmennya) yang bermuatan negatif sesuai dengan arus listrik. Pada system elektroforesis tersebut, agarose merupakan bahan media yang berfungsi sebagai alas atau medium pemisah yang diletakkan antara anode dan catode alat elektroforesis. Medium pemisah tidak bergerak (fasa stationer). Molekul yang ingin dipisahkan diletakkan pada medium pemisah dan dibawa sesuai dengan muatan listrik oleh karena medium pemisah direndam dengan larutan ionik. Molekul yang besar bergerak lebih lambat dari pada molekul lebih kecil. Gel agarose  disiapkan dengan ethidium bromide yang mengikat dengan DNA (intercalater) dan diperlihatkan warna oren kalau disinarkan dengan cahaya UV. Menurut Aslinda dan Ahmad (2016), Agarosa atau galaktosa polimer merupakan senyawa polisakarida yang diisolasi dari makroalga. Analisis molekul DNA dengan PCR ini, akan dilanjutkan dengan pemisahan fragmen DNA menggunakan gel elektroporesis untuk memisahkan molekul DNA, RNA dan molekul protein menggunakan arus listrik di permukaan gel matriks agarosa.

Salah satu keuntungan analisis keragaman menggunakan teknik molekuler yang memanfaatkan teknologi eletroforesis adalah kuantitas DNA yang dibutuhkan hanya sedikit. Selain itu, untuk tingkat kemurnian DNA yang dibutuhkan tidak perlu terlalu tinggi dengan kata lain teknik ini toleran terhadap tingkat kemurnian, Akan tetapi dibutuhkan senyawa-senyawa kontaminan yang dapat mengganggu reaksi PCR seperti polisakarida dan metabolit sekunder (Siregar dan Olivia, 2013).

IV. PENUTUP

A.    Kesimpulan

Kesimpulan yang dapat diambil dari percobaan ini adalah percobaan isolasi DNA jaringan dilakukan dengan 3 tahap yaitu tahap penghancuran, dimana sampel dihancurkan menggunakan lumpang dan alu agar memudahkan untuk memisahkan dna dari komponen yang tidak diperlukan, ekstraksi dimana ditahap ini dilakukan penambahan buffer untuk memudahkan proses pemisahan DNA dan pemurnian dimana dilakukan pencucian DNA agar bersih dan dapat diamati ketika proses eletroforesis dilakukan.

 

B.     Saran

Adapun saran yang dapat saya berikan pada praktikum ini adalah sebagai berikut

1.      Saran untuk praktikan yang masuk kedalam laboratorium, yaitu agar tetap menjaga suasana dalam laboratorium agar tetap tenang dan melakukan pengamatan dengan teliti agar data pengamatan yang diperoleh lebih jelas dan akurat.

2.      Saran untuk asisten pembimbing yaitu agar kiranya dapat memperhatikan praktikan saat melakukan praktikum dan memberikan instruksi mengenai bahan atau alat yang akan digunakan dengan jelas agar tidak terjadi salah presepsi oleh praktikan.

3.      Saran untuk laboratorium yaitu agar kiranya dapat menyediakan kursi dan meja yang lebih baik agar asisten dapat duduk saat menjelaskan.

 

 

 

DAFTAR PUSTAKA

Aji, G. K., Djoko, P., dan M. Rivai, 2018, Pengendali Kecepatan pada Alat Sentrifugasi Menggunakan Metode Logika Fuzzy, Jurnal Teknik Its, 7(2): 325-330.

 

Aslinda, W. dan Ahmad, A., 2016, Isolasi dan Karakterikasi Agarosa dari Makroalga Merah Euchema Cottoni untuk Pemisahaan Fragmen Dna, Online Journal of Natural Science, 5(3): 307-317.

 

Deanesia, D., Roslim, D. I. dan Herman, 2014, Isolasi Dna Tanaman Padi (Oryza sativa L.) Asal Kecamatan Bantan, Bengkalis-Riau, JOM FMIPA,1(2): 644-650.

Fuad, A. R. M., Ita, U. dan Fredy, K., 2016, Penggunaan Agar-Agar Komersial Sebagai Media Gel Elektroforesis pada Zat Warna Remazol: Pengaruh Komposisi Buffer, Ph Buffer dan Konsentrasi Media, Jurnal Sains dan Seni Its, 5(2): 130-133.

 

Hairuddin, R., 2013, Isolasi Dna dan Amplifikasi, (Pcr) Genom Dna Kopi (Coffea Sp) Melalui Proses Elektroforesis Gel Poliakrilamid, Jurnal Dinamika, 4(1): 43 - 48.

 

Hariyadi, S., Erlina, N. dan M. Amien, R., 2018, Perbandingan Metode Lisis Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi Dna Genom pada Organ Liver Tikus Putih (Rattus Norvegicus), Proceeding Biology Education Conference, 5(1): 689-692.

 

Hutami, R., Hanifah, B., Sukarno, Henny, N. dan Raafqi, R., 2018, Ekstraksi Dna dari Daging Segar untuk Analisis dengan Metode Loop-Mediated Isothermal Amplification (Lamp), Jurnal Agroindustri, 4(2): 209-216.

 

Iqbal, M., Ibnu, D, B. dan Nia, K., 2016, Analisis Perbandingan Metode Isolasi Dna untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus (Wssv) pada Udang Vaname (Litopenaeus Vannamei), Jurnal Perikanan Kelautan, 7(1): 54-65.

 

Kamaliah, 2017, Perbandingan Metode Ekstraksi Dna Phenol-Chloroform dan Kit Extraction pada Sapi Aceh dan Sapi Madura. Jurnal Biotik, 5(1): 60-65.

 

Maryawana, O. N., 2015, Ektraksi Asam Deoksiribonukleat (Dna) dari Jaringan Otot,  Oseana, 11(2): 1-9.

 

Siregar, U. J. dan Ranny, D. O., 2013, Keragaman Genetik Populasi Sengon (Paraserianthes Falcataria (L) Nielsen) pada Hutan Rakyat di Jawa Berdasarkan Penanda RAPD, Jurnal Ilmiah Peneliian, 1(1): 1-7.

 

Travers, A. dan Georgi, M., 2018, Dna Struktur and Function. Febs Journal, 1(1): 1-17.

 

Triarjo, Sugeng, R., Anwar, M. dan Edy, M., 2016, Analisis Kerusakan Centrifuge (Xd-301) pada Proses Pemisahan Uranil Nitrat Seksi 300 Instalasi Pcp, Jurnal Analisa Alat, 2(1): 13-20.

 

Widyastuti, D. A., 2014, Solasi Dna Kromosom Salmonellasp. dan Visualisasinya pada Elektroforesis Gel Agarosa, Jurnal Pendidikan Biologi dan Saintek, 8(2): 311-317.